در دوران قرون وسطی، مدرسه به‌عنوان کالجی برای آموزش علوم اسلامی و رشته‌های مرتبط نظیر دستور زبان عربی، فلسفه و دانش‌های مرتبط با فهم متون مقدس مذهبی، در ترکیه وجود داشت که می‌توان آن را شروع آموزش عالی در این کشور دانست. رشته‌هایی نظیر فلسفه و طب؛ به عنوان علوم خارجی اغلب در خانه استادان آموزش داده می‌شد. در عصر حکومت سلجوقیان روم (۱۰۷۱-۱۲۹۹) تعداد مدارس افزایش یافت و مدارس اصلی الهیات اسلامی، سیرچالی، کاراتای و نظایر آنها تأسیس شدند. در این عصر، علوم پزشکی و طب مورد توجه قرار گرفتند و چندین مرکز مهارت‌آموزی و آموزش پزشکی و بیمارستان تأسیس و دارالشفاء، دارالعافیه، دارالسینا به مدارس مادر آموزش پزشکی تبدیل شدند.
پس از سلجوقیان، مدارس همچنان به عنوان مؤسسات آموزش عالی ترکیه باقی ماندند و در دوره حکومت عثمانی(۱۹۲۳-۱۲۹۹ میلادی) متعدد و متنوع شدند. نخستین مدارس در دوره امپراتوری عثمانی با نام‌های نظامیه بغداد، ایزنیک اورهانیسی، هاگیا صوفیا و سلیمانیه، مشهور شدند. الهیات، فلسفه، منطق، ریاضیات، تاریخ، حقوق و زبان به عنوان موضوعات اصلی آموزش در عصر عثمانی بوده است. ساختار آموزش دوره عثمانی تا اواخر قرن ۱۹ میلادی تقریبا بدون تغییر محسوس تداوم داشته است. دینی بودن نوع آموزش و تسلط دین اسلام بر انواع آموزشها از ویژگی‌های مهم آموزشهای عصر عثمانی است.
در اواخر امپراتوری عثمانی، ساختار و محتوای آموزش عالی این کشور دچار تحول و دگرگونی اساسی شد. حرکت به سمت حذف مذهب و گرایش به سوی مدرنیسم و تجددگرایی، ویژگی مهم اواخر دوره عثمانی است. در این دوره، مؤسسات آموزش عالی با مأموریت ارائه آموزشهای فنی وحرفه‌ای نظیر کالج امپراتوری مهندسی ناوال به سال ۱۷۷۳ ،کالج امپراتوری پزشکی به سال ۱۸۲۷، کالج امپراتوری نظامی به سال ۱۸۳۴، دانشکده مدیریت به سال ۱۸۷۷، دانشکده حقوق در سال ۱۸۷۸ و دارالفنون به سال ۱۸۶۳ تأسیس شدند(در ایران دارالفنون به سال ۱۲۳۰ شمسی و ۱۸۵۱ میلادی تاسیس شده بود). در دوره جمهوری ترکیه (از ۱۹۲۳) این مؤسسات و کالج‌ها، پایه دانشگاه‌های مدرن و مؤسسات آموزشعالی غیر دینی ترکیه شدند. دارالفنون با عنوان «دارالفنون عثمانی» در سال ۱۹۰۰ مورد بازنگری قرار گرفت و مجددا با رشته‌هایی نظیر پزشکی، حقوق، ادبیات، علوم و الهیات، بازگشایی شد. بیست استاد آلمانی در سال ۱۹۱۲به دانشگاه دارالفنون ملحق شدند و چندین مؤسسه پژوهشی در سال ۱۹۱۵ تأسیس و نخستین هسته نظام پژوهشی دانشگاهی ترکیه را شکل دادند. دارالفنون که در سال ۱۹۱۹ به استقلال علمی دست یافته بود در سال ۱۹۳۳ (پس از دوره امپراتوری عثمانی) به «دانشگاه استانبول» تغییر نام یافت. در نظام آموزش عالی ترکیه، این دانشگاه یکی از مؤسسات آموزشعالی قدرتمند دولتی است.
نقش‌آفرینی مدارس و استادان خارجی در حوزه آموزش، یکی دیگر از تحوالت دوران گذار (خروج از تسلط مذهب) در کشور ترکیه است. در اواخر قرن ۱۹ میلادی تعدادی مدارس خارجی توسط مسیونرهای مذهبی خارجی در آموزش عالی قلمرو امپراتوری عثمانی تأسیس شدند. مؤسسات آموزش عالی آمریکایی و فرانسوی نظیر کالج آمریکایی، دانشگاه آمریکایی و دانشگاه اسقف ژوزف فرانسوی در استانبول در دوره عثمانی تأسیس شدند. استادان و مدرسان از فرانسه، آلمان و ایالات متحده آمریکا در موسسات آموزشعالی تدریس می‌کردند و این امر سهم بارزی در شکل‌گیری جنبش تجددگرایی و مدرنیسم در شیوه‌های تدریس و شکل‌گیری حوزه‌ها و رشته‌های جدید علمی داشتند.
پس از استقرار نظام جمهوری ترکیه به سال ۱۹۲۳، تمامی مدارس این کشور تعطیل شدند. در سالهای ۱۹۳۳-۱۹۲۳، دارالفنون تنها مؤسسه آموزشعالی ترکیه به عنوان میراث امپراتوری عثمانی بود. در این زمان، درهای ترکیه به روی استادان آلمانی و اروپای مرکزی باز شد و این استادان حرکت نوینی را در نظام آموزش عالی ترکیه آغاز کردند. در این مدت مدرسه حقوق در سال ۱۹۲۵، مؤسسه کشاورزی در سال ۱۹۳۰، دانشکده زبان، تاریخ و جفرافیا در سال ۱۹۳۵ و دانشکده علوم در سال ۱۹۴۳ تأسیس شدند. همچنین، آتاتورک در اندیشه اصلاح اساسی در نظام آموزش عالی ترکیه، از «پروفسور آلفرد مالچی» سوئیسی، استاد دانشگاه ژنو، دعوت کرد که دارالفنون را با معیارهای الگوی دانشگاهی اروپای غربی مورد ارزیابی قرار دهد. بر اساس گزارش پروفسور مالچی، نظرات شخصی آتاتورک و آرای دست اندرکاران آموزش، بیانیهای مشتمل بر برخی موضوعات اساسی آموزشعالی شامل آزادی علمی، پاسخگویی، معیارهای ارتقای علمی، نقش رهبری رئیس دانشگاه، تنظیم برنامه درسی و نظایر آنها تهیه شد.
به دنبال مفاد گزارش مالچی و نظرات آتاتورک، مجلس ملی ترکیه، تعطیلی دارالفنون را تصویب کرد. یک روز پس از تعطیلی دارالفنون، این مؤسسه با اسم «دانشگاه استانبول» فعالیت خود را شروع کرد. شورای دانشگاه استانبول مهمترین مأموریت این دانشگاه را حفظ سبک و الگوی مؤسسات آموزشعالی غربی و ایفای نقش کلیدی در توسعه اجتماعی- اقتصادی و ارتقا و بهبود هر چه بهتر حکومت غیر دینی حاکم ذکر کردند. فلسفه حاکم بر این سیاست‌ها اصلاحات مدنظر آتاتورک با هدف کمک به غربی‌گرایی و تجدد و تسلط اصول حکومت غیر دینی بود. با فشار و نفوذ تعداد زیادی از استادان یهودی فراری از آلمان نازی، دانشگاه استانبول به مرکز هدایت آموزش عالی و پژوهش در سطح ترکیه تبدیل شد. به‌علاوه، این دانشگاه به محل آموزش استادان سایر دانشگاه‌های کشور تبدیل شد. اصول و اصلاحات آتاتورک برای همه رشته‌های تحصیلی آموزش داده می‌شد. این دیدگاه ملی و غیر دینی در ترکیب با الگوهای انگلیسی- آمریکایی و اروپایی، پایه و اساس آموزش عالی مدرن ترکیه را شکل دادند. از سال ۱۹۳۳ دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزشعالی در شهرهای مختلف ترکیه تأسیس شدند. به‌طوری که در سال ۱۹۹۲ با تأسیس ۲۵ دانشگاه دولتی و خصوصی جدید تعداد دانشگاه‌های ترکیه به ۵۶ واحد رسید. نظام آموزش عالی ترکیه در سال ۲۰۰۹ بالغ بر ۱۳۲ دانشگاه شامل ۹۴ دانشگاه دولتی و ۳۸ دانشگاه خصوصی بوده است. بر اساس قانون، تأسیس دانشگاه‌های خصوصی با شرط رعایت استانداردهای آموزشی در سطح دانشگاه‌های دولتی نزدیک آن دانشگاه، توسط بنیادها امکانپذیر است.